本学理学部は「実社会は経済と科学技術が両輪となる」という宇宙物理学者であった荒木俊馬初代総長の建学の理念を継承し、具現化する存在として発展してきました。そして現在、数理科学科、物理科学科および宇宙物理・気象学科の３学科で構成する学部のイメージにふさわしいロゴマークを製作、2021（令和3）年4月1日に制定しました。

己の尾を噛んで環となった竜もしくはヘビを図案化した「ウロボロス」は、極めてマクロな宇宙の根源が、素粒子という極めてミクロな存在と密接に関係していることを表しています。竜の頭が宇宙を、そして胴体にかけて銀河、太陽系、惑星、と次第に小さいスケールの対象を表し、最後に尻尾の先になるにしたがって、分子、原子、素粒子という具合に自然界のミクロな対象を表現しています。また、ウロボロスが作る3つの円環は、互いに外れないように絡み合った「ボロミアン環」とよばれる「結び目理論」（位相幾何学という数学の1分野）における特殊な絡み目になっており、ひとつでも輪が欠けると残りの二つは分離してしまいます。このロゴマークは、互いに密接につながり合う３つの学科が自然界の真理を探究するという、理学部における学びの姿を表現しています。