3月22日、23日に、2013（平成25）年度卒業式（学位授与式）が挙行された。

総合生命科学部では第1期生が卒業となる今年度は、学部生2,764人、大学院生74人に学位が授与され、それぞれの道へ進んでいく。
式辞において、藤岡学長は、「ご卒業おめでとうございます。本学のDNAは不撓不屈の精神。そのDNAを自分の支えとし、これから待ち受ける困難な課題解決にも果敢に挑戦してほしい。それぞれ、この大学生活で培ったチャレンジ精神をいかんなく発揮して、充実した人生を送れるよう心から願っている。」
と、晴れて船出する卒業生にメッセージを送った。

また、卒業式後には、全学応援団がエールを送ったほか、部活動やサークル、ゼミ等の後輩たちが卒業生を出迎え、門出を祝った。