研究機構は、研究所と研究推進センターからなっています。
研究所は、7つの研究所と5つの研究センターからなり、国内私立大学最大の天体望遠鏡を有する神山天文台をはじめ、地元京都に根ざした日本文化研究所、国際的な学術論文も多数発表しているタンパク質動態研究所、国内でも他に類をみない社会安全・警察学研究所等、特徴的な研究を行っています。
研究推進センターは、上記の研究所や本学研究者（教員）の研究活動を推進・活性化させるための企画立案を戦略的に実施するために設置しています。同センターにはURAを配置しています。

①研究推進担当

• 科学研究費助成事業（科研費）ほか公的資金、受託研究や共同研究等の外部資金獲得支援
• 学外機関（公的機関や民間企業等）との産官学連携活動における受入れ及び契約業務
• 特許等の知的財産に関する業務
• 研究所の運用・調整

②研究支援担当

• 科学研究費助成事業（科研費）ほか公的資金、外部資金や学内研究資金の執行・管理
• 研究倫理に関する業務
• 安全保障貿易管理に関する業務